L'histoire se déroule deux ans après la victoire de Cloud et le groupe AVALANCHE sur Sephiroth.
Entre-temps, Cloud s'est isolé et se trouve hanté par les démons de son passé.
Depuis sa quasi-destruction par un météore, Midgar n'est plus que l'ombre de ce qu'elle était : une mégapole économique et industrielle, que ses habitants commencent petit à petit à reconstruire. La météore avait été invoquée par Sephiroth grâce à l'unique materia noire ; la materia de destruction. Aeris avait alors sacrifié sa propre vie pour invoquer et utiliser la materia blanche, celle qui était assez puissante pour contrer la materia noire. En vain malheureusement, c'est alors que la Rivière de la Vie elle-même mit fin au carnage.
Cependant, une mystérieuse maladie, le syndrome de la cicatrice étoilée (les geostigmates), les tourmente ; c'est la preuve que Jenova se bat contre la rivière de la vie même après la mort. Cette dernière apporte la mort et encore plus de désespoir dans un monde en proie à la misère, surtout après l'abandon de l'utilisation du Mako.
Cloud, devenu livreur, mène une vie calme et vit avec Tifa et des orphelins. Toutefois, atteint par les geostigmates, il s'en éloigne afin que les autres ne s'en aperçoivent pas.
Un jour, il reçoit un appel téléphonique, lui offrant un nouveau travail en tant que garde du corps pour un mystérieux homme en fauteuil roulant, qui s'avère être Rufus, président de la Shinra miraculeusement rescapé d'une explosion. Rufus veut se prémunir du gang d'un dénommé Kadaj, à l'origine de la capture et de la torture d'Elena et Tseng, deux membres des Turks, dévoués à la Shinra.
Jeunes et violents, Kadaj et sa bande recherchent leur « Mère » qui s'avère être Jenova et dont ils soupçonnent la Shinra d'en avoir gardé la possession. Ils s'avèrent être des esprits (les « incarnés ») de Sephiroth et ont pour objectif d'effectuer la « Réunion ». Ils considèrent Cloud comme un « grand frère » traître à leur cause ; ainsi, ils s'en prennent aux orphelins malades protégés par ce dernier afin de se servir des enfants comme boucliers humains et d'attirer Cloud dans un piège. Ils en profitent également pour s'emparer de sa collection de matérias. Pris au piège, Cloud s'en échappe à l'aide de Vincent qui intervient au moment opportun.
Afin de se venger des humains, et ne parvenant pas à retrouver Jenova par ses propres moyens, Kadaj invoque le Bahamut dans Midgar. C'est alors que les autres membres de l'équipe ayant vaincu Séphiroth font leur réapparition pour combattre le Bahamut : Barret, Nanaki, Yuffie, Cid et Cait Sith. Vincent et Tifa s'illustrent également dans la bataille.
En réunissant leurs forces, ils parviennent à vaincre le Bahamut, mais Kadaj s'empare de cellules de Jenova, qui était effectivement possédée par Rufus Shinra : celui-ci la dissimulait en fait sous son manteau depuis le début.
Cloud engage alors une course-poursuite en moto, clin d'½il à la course-poursuite de Final Fantasy VII. Il sème ses poursuivants et affronte Kadaj dans l'église où Aeris faisait pousser ses fleurs. Affaibli par les geostigmates, Cloud se retrouve en position de faiblesse, mais est sauvé par une intervention d'Aeris (son esprit encourage Cloud), qui le soigne des geostigmates et fait fuir Kadaj.
Cloud, renforcé par l'intervention d'Aeris, vaincu Kadaj qui effectue alors la Réunion avec Jenova, donnant naissance à un avatar de Sephiroth qui invoque un sabre long de trois mètres pour se battre (la Masamune). Après un combat acharné, Cloud l'emporte en effectuant un combo (comme dans le jeu, qui fait d'ailleurs penser à la Limite Ultime « Omnislash »). La rivière de la vie fait pleuvoir pour guérir les habitants de Migdar de la blessure de la Terre causée par Jenova : le fléau Geostigma.
Entre-temps, Cloud s'est isolé et se trouve hanté par les démons de son passé.
Depuis sa quasi-destruction par un météore, Midgar n'est plus que l'ombre de ce qu'elle était : une mégapole économique et industrielle, que ses habitants commencent petit à petit à reconstruire. La météore avait été invoquée par Sephiroth grâce à l'unique materia noire ; la materia de destruction. Aeris avait alors sacrifié sa propre vie pour invoquer et utiliser la materia blanche, celle qui était assez puissante pour contrer la materia noire. En vain malheureusement, c'est alors que la Rivière de la Vie elle-même mit fin au carnage.
Cependant, une mystérieuse maladie, le syndrome de la cicatrice étoilée (les geostigmates), les tourmente ; c'est la preuve que Jenova se bat contre la rivière de la vie même après la mort. Cette dernière apporte la mort et encore plus de désespoir dans un monde en proie à la misère, surtout après l'abandon de l'utilisation du Mako.
Cloud, devenu livreur, mène une vie calme et vit avec Tifa et des orphelins. Toutefois, atteint par les geostigmates, il s'en éloigne afin que les autres ne s'en aperçoivent pas.
Un jour, il reçoit un appel téléphonique, lui offrant un nouveau travail en tant que garde du corps pour un mystérieux homme en fauteuil roulant, qui s'avère être Rufus, président de la Shinra miraculeusement rescapé d'une explosion. Rufus veut se prémunir du gang d'un dénommé Kadaj, à l'origine de la capture et de la torture d'Elena et Tseng, deux membres des Turks, dévoués à la Shinra.
Jeunes et violents, Kadaj et sa bande recherchent leur « Mère » qui s'avère être Jenova et dont ils soupçonnent la Shinra d'en avoir gardé la possession. Ils s'avèrent être des esprits (les « incarnés ») de Sephiroth et ont pour objectif d'effectuer la « Réunion ». Ils considèrent Cloud comme un « grand frère » traître à leur cause ; ainsi, ils s'en prennent aux orphelins malades protégés par ce dernier afin de se servir des enfants comme boucliers humains et d'attirer Cloud dans un piège. Ils en profitent également pour s'emparer de sa collection de matérias. Pris au piège, Cloud s'en échappe à l'aide de Vincent qui intervient au moment opportun.
Afin de se venger des humains, et ne parvenant pas à retrouver Jenova par ses propres moyens, Kadaj invoque le Bahamut dans Midgar. C'est alors que les autres membres de l'équipe ayant vaincu Séphiroth font leur réapparition pour combattre le Bahamut : Barret, Nanaki, Yuffie, Cid et Cait Sith. Vincent et Tifa s'illustrent également dans la bataille.
En réunissant leurs forces, ils parviennent à vaincre le Bahamut, mais Kadaj s'empare de cellules de Jenova, qui était effectivement possédée par Rufus Shinra : celui-ci la dissimulait en fait sous son manteau depuis le début.
Cloud engage alors une course-poursuite en moto, clin d'½il à la course-poursuite de Final Fantasy VII. Il sème ses poursuivants et affronte Kadaj dans l'église où Aeris faisait pousser ses fleurs. Affaibli par les geostigmates, Cloud se retrouve en position de faiblesse, mais est sauvé par une intervention d'Aeris (son esprit encourage Cloud), qui le soigne des geostigmates et fait fuir Kadaj.
Cloud, renforcé par l'intervention d'Aeris, vaincu Kadaj qui effectue alors la Réunion avec Jenova, donnant naissance à un avatar de Sephiroth qui invoque un sabre long de trois mètres pour se battre (la Masamune). Après un combat acharné, Cloud l'emporte en effectuant un combo (comme dans le jeu, qui fait d'ailleurs penser à la Limite Ultime « Omnislash »). La rivière de la vie fait pleuvoir pour guérir les habitants de Migdar de la blessure de la Terre causée par Jenova : le fléau Geostigma.
